Isildur fut un descendant des Dúnedain de Númenor, un des Fidèles aux Valar. Après la submersion de Númenor, il en réchappa et rejoignit la Terre du Milieu avec son père Elendil. Il apporta une pousse de Nimloth de Númenor, symbole de l'amitié éternelle entre les Humains et les Valar. Il accosta avec son frère Anárion et créa le Royaume du Gondor sous la souveraineté de son père. Il devint quant à lui Seigneur de Minas Ithil.
Neuf ans plus tard, Sauron reprit Minas Ithil et brûla l'Arbre Blanc qui avait été replanté mais Isildur survécut et récupéra encore une pousse de l'arbre. Face à Sauron, il fut conclu la Dernière Alliance des Elfes et des Hommes. Lors de la Bataille de Dagorlad, le Seigneur Ténébreux fut défait et Isildur réussit avec Narsil, l'épée de son père, à trancher l'Anneau Unique de la main de Sauron. Cette date marqua d'ailleurs la fin du Second Age.

Plus tard, les Elfes, dont Elrond, conseillèrent à Isildur de détruire l'Unique dans les flammes de la Montagne du Destin mais le cœur d'Isildur fut faible et il se laissa envoûter par les pouvoirs de l'Anneau. Il garda donc son bien en l'honneur de son frère et de son père tués lors du siège de Barad-dûr. L'Arbre Blanc fut replanté ensuite à Minas Anor.
Mais alors qu'il se rendait vers le nord, Isildur tomba dans une embuscade. Ainsi eut lieu la Bataille des Champs d'Iris. En tentant de fuir sous les conseils d'Elendur, il mit l'Anneau Unique à son doigt, se rendant ainsi invisible de tous. Mais en traversant l'Anduin, l'Anneau glissa de son doigt le rendant à nouveau visible et des sentinelles Orques le transpercèrent de flèches. Son corps fut perdu à tout jamais dans les eaux du fleuve.